การจำแนกประเภทของเมล็ดพันธุ์ผัก สามารถจำแนกโดยพันธุกรรม และวิธีการผลิต ดังนี้

  1. พันธุ์ผสมเปิด หรือพันธุ์ปล่อย (open pollinated variety) คือ พันธุ์ที่มีลักษณะพันธุกรรม เหมือนกัน หรือใกล้เคียงกัน อาจเป็นพันธุ์พื้นเมืองที่นิยมปลูกทั่วไป หรือได้รับการคัดเลือกพันธุ์ โดยเลือก ต้นที่ดี จากนั้นนำเมล็ดพันธุ์มาขยายพันธุ์โดยเปิด โอกาสให้มีการผสมเกสร อย่างอิสระ หรือผสม ข้ามแบบสุ่ม มีการควบคุมการถ่ายละอองเกสร ไม่ให้มีการผสมข้ามพันธุ์อื่น จากนั้นเก็บเมล็ดพันธุ์มาจำหน่ายต่อไป
  2. พันธุ์ลูกผสม (hybrid variety) คือ พันธุ์ที่เป็นลูกชั่วแรก ซึ่งได้จากการผสมข้าม ระหว่างพันธุ์ที่มีพื้นฐาน ทางพันธุกรรมแตกต่างกัน เช่น ผลผลิตสูง ต้านทานโรค และแมลง คุณภาพผลผลิตสูง

พันธุ์ผสมเปิดมักมีเมล็ดพันธุ์ราคาถูกว่าพันธุ์ลูกผสม ส่วนพันธุ์ลูกผสมจะมีลักษณะเด่นคือความสม่ำเสมอ ทางพันธุกรรมและลักษณะที่ แสดงออกมากกว่าพันธุ์ผสมเปิด นอกจากนี้พันธุ์ลูกผสมมีเมล็ดพันธุ์ที่คุณภาพสูง เช่น อัตราความงอกสูง อายุการเก็บเกี่ยว และคุณภาพ ของผลผลิตสูง และสม่ำเสมอ แต่พันธุ์ผสมเปิดมีความทนทานต่อสภาพแวดล้อม ศัตรูพืชได้ดีกว่าพันธุ์ลูกผสม

ในตลาดเมล็ดพันธุ์ผักยังคง มีผักหลายชนิด ที่ยังนิยมใช้เมล็ดพันธุ์ผสมเปิด เนื่องจากการผลผลิตเมล็ดพันธุ์ลูกผสมยุ่งยาก ผลผลิต และราคาเมล็ดพันธุ์ของพันธุ์ผสมเปิด ยังคุ้มค่าในการลงทุนมากกว่า การใช้พันธุ์ลูกผสม เช่น ผักตระกูลกะหล่ำ ได้แก่ กวางตุ้ง คะน้า และผักกาดหัวบางพันธุ์ ผักตระกูลถั่วทุกชนิด ผักกาดหอม และผักบุ้งจีน

 ความแตกต่าง
พันธุ์ผสมเปิด
พันธุ์ลูกผสม
- ราคาเมล็ดพันธุ์
ต่ำกว่า
สูงกว่า
- ความสม่ำเสมอของพันธุ์ เช่น ความงอก 
อายุเก็บเกี่ยว  ขนาดผลผลิต
ด้อยกว่า
สูงกว่า
- ผลผลิต
ต่ำกว่า
สูงกว่า
- ความทนต่อสภาพแวดล้อม เช่น ภูมิอากาศ 
โรค แมลง
ดีกว่า
ด้อยกว่า

ในเรื่องของอัตราการงอกของเมล็ดพันธุ์นั้น ตามพระราชบัญญัติพันธุ์พืช กำหนดมาตรฐานอัตราความงอก ของผักทั้งหมดมากกว่าร้อยละ 70 ยกเว้นผักบุ้งจีน และพริก กำหนดไว้มากกว่าร้อยละ 50 ซึ่งหมายความว่า ถ้ามีเมล็ดพันธุ์ผัก 100 เมล็ด สามารถได้ต้นกล้า 50-70 ต้น ตามแต่ละประเภท